До настоящего времени в структуру
ФГБУ ЦНМВЛ входили Тульский, Липецкий, Рязанский, Самарский и Владимирский филиалы, а также Калужское территориальное отделение.
На все структурные подразделения ФГБУ ЦНМВЛ в регионах возложены обязанности по проведению специальной оценки условий труда и производственному контролю. Сертификации и декларированию продукции и услуг. Разработке и внедрению системы управления качеством и безопасностью пищевых продуктов на основе принципов ХАССП, проведению работ в сфере земельных отношений (разработка проектов рекультивации нарушенных земель, выдача заключений о качественном состоянии почвы, разработка паспортов плодородия и т.д.), а также организации дополнительного профессионального образования в области ветеринарии и лабораторной диагностики.
